为保证喷雾干燥机干燥塔体及其管道和所有与成品接触的部件的清洗，得到一流的产品，有规则的清洗设备是十分必要的。当产品品种更换时，或是喷雾干燥机设备已经停产24h以上而未清洗的，应作一次全面彻底的清洗。
清洗方法，可根据实际选择干洗、湿洗或化学洗。
干洗：用刷子、吸尘器清扫(适用于小型干燥机)。
湿洗：用60~80℃的热水进行清洗。
化学洗：用碱液、酸液和各种洗涤剂清洗。其中，酸洗：将HNO3配成1~2%浓度的溶液，加热温度不超过65℃进行洗涤，然后用水清洗；碱洗：将NaOH配成0.5~1%浓度的溶液，加热温度不超过65℃进行洗涤，然后用清水清洗。
当进行湿洗和化学洗涤后，应将设备和各部件安装好，进行高温消毒，时间15~30min。
在清洗时，注意不能用氯及其化合物洗涤。
空气过滤器的清洗，应按周围环境条件，即空气含尘量的高低而定，一般含量高的3~6星期清洗一次，含尘量低的6~8星期清洗一次。其中的不锈钢细丝，用碱洗法洗涤后，仍应均匀地敷设到空气过滤器的框架内，并喷以轻质锭子油或真空泵