在食品行业，喷雾干燥设备是一个矛盾的存在，它既能够让食品保持良好的外观和原有的营养价值，从而生产出咖啡伴侣、蛋黄粉、奶粉、汤料、果汁粉等产品，也存在动力消耗大、体积过大、易发生粘壁现象、一次性投资大等缺陷，在国家环保重压以及人们对食品要求越来越高的情形下，喷雾干燥设备要保持其在食品工业中的地位还需多加努力。

粘壁现象是妨碍喷雾干燥机正常操作的一个突出问题，富含动物油脂的食品物料往往会沉积在干燥室壁面上。随着时间的流逝，这些食品物料会逐渐演变成为污染源，危害食品健康。因此，不少喷雾干燥机的生产企业联合专家学者探索出一些解决粘壁问题的办法。
       体积过大面临着放置区域的限制。随着人们对食品生产条件的重视，不少食品企业都建造了三十万级或十万级的无尘净化车间，但喷雾干燥机由于体积庞大，不能整体都放在洁净区域，不少企业会选择将收集物料的部分放在洁净区，其余部位在别处放置。面对这种情况，需要喷雾干燥设备系统提高密闭性能，防止外部环境污染。
       喷雾干燥机在作业时需要成品的颗粒大小分布、残留水份含量、堆积密度和颗粒形状符合精确的标准，制作出来的颗粒才能得到理想效果。以堆积密度为例，在喷雾干燥机过程中，堆密度是食品的重要特性之一，在操作过程中每种措施都要确保达到最佳的堆密度。影响堆密度有粉料温湿度、进料温度、粒度分布、吸入干燥空气温度、产品排出温度、空气接触方式、喷雾器型式及在喷雾干燥器中所设置的位置等有关。要保障食品原物料的堆积密度达到理想效果需要经验丰富的老师傅进行坐镇。但随着智能化时代的到来，如果喷雾干燥机能够根据物料的湿度、位置、颗粒大小等自行分析判断物料所需的喷雾温度、时长等就能大大降低设备对人的依赖。