为了有效地保证管道和与成品接触的所有部件的清洁，实验用喷雾干燥机在使用过程中可以获得一流的产品，并且需要定期的清洁设备。当产品种类发生变化，或者喷雾干燥设备已经停产超过24小时而未进行清洁时，应进行彻底彻底的清洁。
在实验用喷雾干燥机中，清洗方法可根据实际选择用于干洗、湿洗或化学洗涤。在干洗过程中，可用刷子、真空吸尘器进行有效清洗，湿洗：60~用80°C的热水清洗。
在化学清洗过程中，实验用喷雾干燥机可在操作过程中用酸性、碱液和各种洗涤剂清洗。当用于酸洗时，它会有效地使HNO3浓度为1~2％的溶液，加热温度不超过65°C进行洗涤，然后用水洗涤;碱洗：将NaOH配制成浓度为0.5〜1％的溶液，加热温度不超过65°C进行洗涤，然后用水洗涤。
实验用喷雾干燥器应在一定程度上根据周围环境条件，空气中的灰尘水平，一般含量高清洗3至6周，6至8周的低灰尘含量洗涤一次。用碱洗法洗涤后的不锈钢长丝应均匀地放入空气过滤器的框架中，并用轻质锭子油或真空泵喷洒。
